Buena cuestión.
En principio no cambia nada con respecto a antes de la aparición de las eBikes (de momento). De hecho existe una laguna muy grande todavía que sin duda, como todo, se irá rellenando de regulaciones o prohibiciones.
El BOE denomina las eBikes como:
"Bicicleta de pedales con pedaleo asistido": bicicletas equipadas con un motor eléctrico auxiliar, de potencia nominal continua máxima inferior o igual a 250 W, cuya potencia disminuya progresivamente y que finalmente se interrumpa antes de que la velocidad del vehículo alcance los 25 km/h o si el ciclista deja de pedalear.
Sobre Pirineos, yo te puedo hablar de Aragón que es lo que mejor conozco, Navarra es algo más permisible y en Cataluña, depende de la zona. En Aragón, está prohibida la circulación de vehículos a motor por cuales quiera de sus pistas (esto excluía bicicletas), salvo por servidumbre de tránsito o gestión comarcal o de ayto (ej-> pista Saravillo a Basa La Mora o Pista de Estaroniello).
En zonas protegidas o reguladas (PNacionales, PNaturales, BICs, etc.) en ningún caso. En PNacionales ni bicis ni nada.
Como en Aragón la relación con la montaña y sus deportes es estrecha e influye mucho en la desestacionalización del turismo, es un tema importante y es complicado que se ponga feo. Pero si está bastante regulado y controlado ya.
Dicho esto y hasta que no vayan regulando específicamente para eBikes, están igual de permitidas que una bici convencional, eso si, respetándose las normas internacionales de seguridad. Es decir, el vehículo o persona de mayor debilidad es la que siempre tendrá preferencia en cualquier caso (ej-> senderista vs eBike).
El respeto de los senderos y caminos marcados, fauna, flora, bla, bla, bla.
Como brico-consejo, nadie debería salir por el monte (en este caso alta montaña), sin ir pertrechado a tutti. Por su propia seguridad pero también para evitar mayores disgustos en caso de accidente o problemas legales de algún tipo (daños a terceros, denuncias de paso, etc.). Esto es, llevar luces de posición, casco puesto, etc...
Saludos.