No sé si será posible, la app del Garmin, donde los 3 puntos que Ridebike te ha dicho que pongas un 0, realmente hay que poner el numero identificador de la batería (si pones 0 se te sincronizará la próxima vez que la intentes vincular), si pones el numero de la segunda batería se te sincronizará con esta pero no con la primera... creo que no hay solución, a no ser que cada vez que cambies batería vayas variando ese valor con la aplicación del PC.
Vamos que sólo puedes sincronizar la app con una batería, lo cual veo lógico, si no un grupo de varios bikers encendiendo sus Garmin a la vez se podría montar un pitote de sincronizaciones de la ostia.