Las baterias no deben bajar de 3.3v por celda o tendrán muchas posibilidades de estropease o bien acortar considerablemente su vida útil. Igual que no es bueno descargarlas del todo, almacenarlas cargadas completamente no es bueno (aunque no tan malo). De ahí que se recomiende guardar las baterias en modo almacenamiento con un voltaje por celda de unos 3.7v. Yo la dejaría en este modo si supiese que no voy a gastarla en unos 15 días.
El cargador de nuestras bicis tiene ese modo, y es por esto. De todos modos el fabricante ya se habrá anticipado a nosotros y cortará mediante software la corriente antes de dejar que se descargue del todo (igual que pasa con los moviles, se apagan solos en vez de desconectarse como lo haría un ordenador al tirar del cable).
Así que tranquilos que aunque diga la bici que la bateria está seca, no lo está realmente, sino que ha llegado al final del voltaje útil...