Pues parece que el mantenimiento que le haces es el correcto.
Si te ha saltado chispazo en los pines de la bici al limpiarlos probablemente sea por la descarga de algún condensador del circuito electrónico del motor.
No creo que haya sido por limpiar los pines, sino por un problema ya previo y ha dado el caso que ha ocurrido mientras limpiabas.
Yo hago esas limpiezas de pines a menudo y no he tenido problema, vamos.... hasta ahora....
La única diferencia entre tu mantenimiento y el mío es que yo cuando vengo de hacer una "ruta durilla" dejo la bici "enfriarse" ,es decir, ni la pongo a cargar inmediatamente ni limpio nada, pero vamos que es una manera mía de hacer las cosas no creo que implique que pueda pasar algo por hacerlo nada más llegar de la ruta como tú haces.
He leído el comentario anterior de "Germanebike" sobre la electricidad estática y el pincel sintético. Puede ser, pero una descarga suficiente como para "quemar" la circuiteria del motor tiene que venir de un problema ya existente en la placa electrónica del motor tuyo.
Ya nos dirás si te cambian el motor entero o solo reparan la parte electrónica del mismo.
Un saludo