a ver, si como dices el controlador del motor acepta 45v y quieres meter una batería de 46v ya te estás pasando de voltaje, las baterías todas tienen caída de tensión, si quieres que el motor te dé mayor rendimiento ve a un motor de 48V.
El fabricante de motores tiene la costumbre de no poner una electrónica justa a las características del motor y deja un poco de margen para posibles eventuales picos de corriente, con la práctica que pretendes te aproximas peligrosamente a la avería, además de producir un desgaste acelerado de los componentes de tu motor y la perdida de garantía en caso de problemas.
Lamentablemente está siendo una práctica muy habitual y poco recomendable el poner baterías de 52v a motores de 48v y baterías de 40v a motores de 36v.
Además, cometas de solo cargar al 95% para proteger las celdas, las celdas te van a durar 5 años si quieres o más, pero te garantizo que a partir de los 3 ya estarás buscando una nueva batería por que el rendimiento de la tuya, cargues a 95 0 100%, tendrás una pérdida de potencia considerable y ya tendrás un 20% menos de autonomía.
Yo no me complicaría tanto la vida poniendo algo que pudiese darme algún problema, pero cada uno que disponga de lo suyo como quiera.