A ver, guardan batería principalmente para una cosa, "no quedarse seca". Lo de las luces es una opción que se añade por software en los modelos de Ebikes que de serie venga con luces incorporadas, por ejemplo, las urbanas. Las de MTB, y más en concreto, las de Enduro veo difícil que salgan de fábrica, sin la conexión instalada, pero la reserva de batería para la luz activa. Si es el caso, nada tan fácil como llevar a tienda y que lo comprueben, y si lo está, pues que te lo eliminen.
Sobre el consumo excesivo del compañero, respecto al motor anterior, seguramente se deba a un problema de motor, o el controlador. Si cambiando baterías, el problema se reproduce en el mismo motor, ahí está el problema.
También podríais hacer un cambio de batería a media ruta, y ver si los porcentajes en el momento de cambiar se mantienen iguales en las dos bicis en el momento del cambio. Puede ser que el controlador esté midiendo mal las baterías en la que indica menos.